داستان Alan Wake 2 در ادامه‌ی رویدادهای قسمت اول رخ می‌دهد. آلن ویک که یک نویسنده‌ی مشهور داستان‌های ترسناک است، پس از آنچه در شهر Bright Falls اتفاق افتاد، دچار آسیب روحی شدیدی شده بود. او در قسمت اول با موجوداتی ترسناک روبرو شد که ظاهرا از داستان‌های او بیرون آمده بودند. البته در پایان مشخص شد که آلن خود این موجودات را با قدرت ذهنش خلق کرده بود.

داستان Alan Wake 2 حدود 13 سال پس از وقایع نسخه اول اتفاق می‌افتد. الن ویک هنوز در کابوس خود زندانی است و در حال تلاش برای فرار است. اما این بار، او تنها نیست. Alan Wake با Saga Anderson، یک پلیس زن که در حال تحقیق در مورد یک سری قتل‌های مرموز است، آشنا می‌شود.

در Alan Wake 2، ما آلن را 2 سال پس از رویدادهای قسمت اول ملاقات می‌کنیم. او همچنان با ترس‌ها و آسیب‌های روانی ناشی از آن تجربه‌ی وحشتناک دست و پنجه نرم می‌کند و دیگر قادر به نوشتن نیست. آلن تصمیم می‌گیرد تا به نیویورک برود شاید بتواند الهامات تازه‌ای بگیرد و دوباره به نویسندگی بازگردد. اما نیویورک آنچنان که او تصور می‌کرد نیست و دوباره آلن درگیر نیروهای شیطانی و دنیایی پر از ترس و وحشت می‌شود. حال باید بفهمد این بار چه اتفاقی در حال وقوع است…