‫بازی Prince of Persia Warrior Within هفت سال بعد از وقایع بازی اول اتفاق می‌افتد. طی این هفت سال شاهزاده تحت تعقیب هیولای وحشتناکی به نام داهاکا بوده است. پس از این‌که شاهزاده به نزد عارفی پیر می‌رود و از او راجع‌به داهاکا سوال می‌کند، پیرمرد به او می‌گوید هرکس شن‌های زمان را آزاد کند، محکوم به مرگ است. اما شاهزاده از سرنوشت خود فرار کرد و حال داهاکا وظیفه دارد به عنوان نگهبان زمان سرنوشت شاهزاده را به واقعیت او تبدیل کند.

پیرمرد لای صحبت‌های خود به جزیره‌ی زمان نیز اشاره می‌کند، جایی که کایلینا، شهبانوی زمان، شن‌های زمان را در آن ساخت. شاهزاده تصمیم می‌گیرد به جزیره‌ی زمان برود تا جلوی به وجود آمدن شن‌های زمان را بگیرد، چون باور دارد این کار باعث می‌شود داهاکا دیگر خود را ملزوم به کشتن او نبیند.

بازی Prince of Persia Warrior Within از آنجا آغاز می‌شود که کشتی شاهزاده در نزدیکی‌های جزیره‌ی زمان مورد حمله‌ی کشتی دیگری به سرکردگی زنی سیاهپوش قرار می‌گیرد و پس از این‌که زن، شاهزاده را در دوئلی شکست می‌دهد، او را با لگدی از کشتی به بیرون پرتاب می‌کند و شاهزاده تنها و کشتی‌شکسته خود را به سواحل جزیره می‌رساند و ماموریت خود را، نه آنطور که مدنظر داشت، از سر می‌گیرد.

مبارز درون پیچیده‌ترین داستان را میان بازی‌های سه‌گانه دارد و بیشترین استفاده را از عنصر جابجایی در زمان می‌برد، چون شاهزاده بنا بر اقتضای داستان دائماً بین زمان گذشته و حال جزیره در حال جابجایی است و باید بسیاری از قسمت‌های بازی را در دو دوره‌ی زمانی مختلف پشت سر بگذارد.

جو تاریکبازی Prince of Persia Warrior Within انتقادات زیادی را نسبت به بازی برانگیخت و بسیاری آن را تغییری نابجا و نالازم خواندند. این تغییر تقریباً تمام جنبه‌های بازی را تحت تاثیر قرار داده است: برخلاف بازی اول که مراحل آن عموماً از تالار و باغ‌هایی زیبا تشکیل شده، مراحل بازی دوم بسیار تاریک هستند (تاریک به هر معنایی که فکرش را بکنید)؛ محیط‌هایی صنعتی، گرفته و رنگ‌مرده که گویی چرخ‌دنده‌ها و مکانیزم‌های ماشینی بزرگ و تهدیدآمیزشان می‌خواهند یادآور تمام حکم‌هایی باشند که اندیشمندان علیه انقلاب صنعتی جاری کردند.

موسیقی ماجراجویانه‌ی بازی اول نیز که حال و هوایی عربی/هندی داشت، در بازی دوم با موسیقی متالی جایگزین شده که پر تک‌نوازی‌ها و ریف‌های خشن و تکراری گیتار برقی است. یکی از منتقدهای یوتوب موسیقی بازی را در کمال بی‌رحمی به «اجرای دست‌گرمی متالیکا قبل از کنسرت» تشبیه کرده است.

تعداد سلاح‌های فرعی نسبتاً زیاد است و به ۵ دسته‌ی شمشیر، تبر، گرز، خنجر و سلاح‌های فرعی ویژه (مثل خرس تدی، فلامینگو، چوب هاکی و از اینجور آیتم‌ها که نقش Easter Egg دارند) تقسیم‌بندی می‌شوند. شما با استفاده از دو سلاح در دست می‌توانید کمبو (که جای آن در شن‌های زمان خالی بود) اجرا کنید و اگر هم لازم شد، می‌توانید سلاح فرعیتان را به سمت دشمن پرتاب کنید. اضافه شدن سلاح‌های فرعی و سیستم کمبو سیستم مبارزه‌ی شن‌های زمان را بسیار بهبود بخشیده است و اجرای کمبویی که در آن شاهزاده سلاح‌های خود را چون بال‌های هلی‌کوپتر دور خود می‌چرخاند و هر دشمنی را که دورش است مورد اصابت قرار می‌دهد، هیچ‌وقت خسته‌کننده نمی‌شود.